CA中心所发放的数字证书可以应用于公众网络上的商务活动和行政作业活动，包括支付型和非支付型电子商务活动，其应用范围涉及需要身份认证及数据安全的各个行业，包括传统的商业、制造业、流通业的网上交易，以及公共事业、金融服务业、工商税务海关、政府行政办公、教育科研单位、保险、医疗等网上作业系统。它主要应用于网上购物、企业与企业的电子贸易、安全电子邮件、网上证券交易、网上银行等方面。CA中心还可以与企业代码证中心合作，将企业代码证和企业数字安全证书一体化，为企业网上交易、网上报税、网上报关、网上作业奠定基础，免去企业面对众多的窗口服务的苦累。
主要应用：
(1) 网上报税
为了配合税务机关和企业信息化工作，加强网上报税系统的安全性，CA中心将向税务机关和纳税人提供权威的数字认证服务，利用基于数字证书的用户身份认证技术对网上报税系统中的申报数据进行数字签名，确保申报数据的完整性，确认系统用户的真实身份和申报数据的真实来源，防止出现抵赖行为和他人伪造篡改数据；利用基于数字安全证书的安全通讯协议技术，对网络上传输的机密信息进行加密，防止纳税人商业机密或其他敏感信息泄露。
(2) 工商管理
CA中心可以与工商局携手建设以数字证书认证技术为核心，以工商行政管理计算机信息网络为基础的信息化工程网络。它可以使工商局更加有效的管理企业，并且保证企业能够在更加安全的网络环境中从事经济活动。
(3) 网上办公
网上办公系统综合国内政府、企事业单位的办公特点，提供了一个虚拟的办公环境，并在该系统中嵌入数字认证技术，展开网上政文的上传下达，通过网络联结各个岗位的工作人员，通过数字安全证书进行数字加密和数字签名，实行跨部门运作，实现安全便捷的网上办公。
(4) 网上招标
以往的招投标受时间、地域、人文的影响，存在着许多弊病，例如外地投标者的不便、招投标各方的资质，以及招标单位和投标单位之间存在的不正当关系。而实行网上的公开招投标，利用数字安全证书对企业进行身份确认，招投标企业只有在通过身份和资质审核后，才可在网上展开招投标活动，从而确保了招投标企业的安全性和合法性，双方企业通过安全网络通道了解和确认对方的信息，选择符合自己条件的合作伙伴，确保网上的招投标在一种安全、透明、信任、合法、高效的环境下进行。通过该网上招投标系统，使企业能够制定正确的投资取向，根据自身的实际情况，选择合适的合作者。
(5) 网上交易
利用数字证书的认证技术，对交易双方进行身份确认以及资质的审核，确保交易者信息的唯一性和不可抵赖性，保护了交易各方的利益，实现安全交易。
(6) 安全电子邮件
邮件的发送方利用接收方的公开密钥对邮件进行加密，邮件接受方用自己的私有密钥解密，确保了邮件在传输过程中信息的安全性、完整性和唯一性。